「特別徴収」とは、会社が従業員に毎月支払う給与から、住民税（市町村民税＋道府県民税）を天引きして、従業員に代わって納めるしくみのことをいいます。
1. 基本的な手続き
（１） 給与支払報告書の提出
毎年1月31日までに「給与支払報告書」を、従業員が1月1日時点で住んでいた市町村に提出します（年の途中に退職した従業員についても提出する必要があります）。
※給与支払報告書とは、前年1月1日～12月31日に会社が払った給与情報が記載されているもので、税務署に提出する源泉徴収票の内容が複写されています。
（２） 特別徴収税額決定通知書の送付
毎年5月31日までに、従業員の住む市町村から会社あてに「特別徴収税額決定通知書」が送られます。住民税の年額と月額が書いてありますので、従業員の6月給与から天引き（特別徴収）を開始します。
（３） 納期と納入方法
納期限は天引きした月の翌月10日（土日祝の場合、翌営業日）です。各市町村から送られてきた納付書を使って金融機関で納入します。
2. 入社の手続き
自分で納付書を使って住民税を納めていた人（普通徴収といいます）が入社する場合、特別徴収に切り替える必要がありますので、従業員が居住する市区町村に切替申請を行います。
3. 退社の手続き
特別徴収から普通徴収に切り替える必要がありますので、退職者が居住する市区町村へ「異動届」を提出します。期限は退職日の翌月１０日までとなっています。
現在、住民税の滞納が深刻化していることを受け、全国的に特別徴収の完全実施が進んでいます。例えば、埼玉県では平成27年度には原則としてすべての事業所に特別徴収を徹底する、としています。